O completo humano genoma a sequência dos dois cromossomos X e autossomos da linha celular derivada de tecido feminino foi concluída. Isto inclui os 8% do genoma sequência que faltava no rascunho original lançado em 2001.
O completo humano genoma A sequência de todos os 3.055 bilhões de pares de bases foi revelada pelo Consórcio Telômero-Telômero (T2T). Isto representa a maior melhoria para o humano referência genoma lançado em 2001 pela Celera Genomics e pela International Pessoas Genoma Consórcio de Sequenciamento. Que genoma A sequência cobriu a maioria das regiões eucromáticas, deixando de fora as regiões de heterocromatina ou representação errônea. Estas regiões representam 8% do humano genoma isso finalmente foi revelado. A nova referência T2T-CHM131 inclui a sequência completa para todos os 22 autossomos mais o cromossomo X. Esta nova sequência de referência também corrigiu vários erros e adicionou aproximadamente 200 milhões de pb de novas sequências contendo 2,226 cópias de genes, das quais 115 são previstos para serem codificadores de proteínas.
O atual genoma de referência GRCh38.p13 foi resultado de duas atualizações importantes, uma em 2013 e outra em 2019 na sequência do genoma Celera de 2001. No entanto, ainda tinha 151 milhões de pares de bases de sequência desconhecida distribuídos por todo o mundo. genoma, incluindo regiões pericentroméricas e subteloméricas, duplicações, matrizes de genes e DNA ribossômico (rDNA), todos necessários para processos celulares fundamentais. A nova referência foi denominada T2T-CHM13 por ser proveniente do sequenciamento do DNA da linha celular CHM13 (Complete Hydatiform Mole) e é realizada pelo consórcio T2T. A linha celular é derivada de um óvulo fertilizado anormal ou de um crescimento excessivo de tecido da placenta em que a mulher parece estar grávida (falsa gravidez), portanto, a sequência representa apenas os dois cromossomos X e autossomos da mulher. Múltiplas tecnologias de sequência foram utilizadas, como os sequenciadores PacBio, Oxford Nanopore, 100X e 70X Illumina, para citar alguns. Os avanços tecnológicos no sequenciamento levaram ao sequenciamento dos 8% restantes conforme mencionado acima.
A única limitação da sequência T2T-CHM13 é a falta de um cromossomo Y. Esse sequenciamento está em andamento, utilizando o DNA da linhagem celular HG002, que possui um cariótipo 46 (23 pares) com cariótipo XY. A sequência será então montada usando os mesmos métodos desenvolvidos para o genoma homozigoto CHM13.
A disponibilidade do T2T-CHM13 como uma nova referência genoma representa um grande avanço que ajudará na compreensão do papel das regiões de heterocromatina e ajudará a entender seus efeitos nos processos celulares com mais detalhes. Até que o sequenciamento do cromossomo Y seja concluído, este servirá como genoma de referência para estudos futuros na compreensão dos processos e funções celulares.
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Referências
- Nurk S, Koren S, Rhie A, Rautiainen M, Bzikadze AV, Mikheenko A et al. A sequência completa de um humano genoma bioRxiv 2021.05.26.445798; DOI: https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
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